Принцип работы системы состоит в возможности прослеживания движения хирургических инструментов в областях тела пациента, невидимых для глаз хирурга. В качестве примера рассмотрим операции на головном мозге. Сначала проводят предварительное обследование головы пациента на КТ или МРТ томографе и строят 3D изображение области, которую будут оперировать. Для предотвращения непроизвольных движений голову пациента помещают в стационарный позиционер – скобу Мейфилда, позиция которой также отслеживается системой. С помощью щупа-зонда со светоотражающими маркерами, которые видны стереокамерам в инфракрасном свете, регистрируют положение головы и привязывают координаты головы к 3D КТ/МРТ изображению. Для определения координат головы пациента к скобе Мейфилда прикрепляют световозвращающие маркеры, которые видны стереокамерам. Таким образом, в пространстве соотносится реальное положение головы пациента и 3D КТ/МРТ изображения головы этого пациента. Такие же маркеры прикрепляются к хирургическим инструментам. Врач во время операции работает этими инструментами, а стереоскопическая система определяет их координаты. Поскольку все объекты: 3D изображение, голова пациента и хирургические инструменты находятся в одной системе координат, программное обеспечение системы на экране монитора компьютера показывает нахождение и движение хирургических инструментов на 3D изображении, что позволяет хирургу наблюдать на экране оперируемую область и движение в ней хирургических инструментов в режиме реального времени. В качестве световозвращающих маркеров в системе используются стерильные пассивные маркеры - световозвращающие сферы, которые устанавливаются на уникальные насадки, которые в свою очередь крепятся на хирургические инструменты и устройство для регистрации головы пациента.